Reconhecimento e quantificação de expressão de imunoistoquÃmica empregando aprendizado de métricas de distância
Recognition and quantification of immunohistochemistry expression employing distance metric learning
Sobieranski, Antonio carlos; Coser, Leandro; Mantelli Neto, Sylvio Luiz; Comunello, Eros; Wangenheim, Aldo von; Di Giunta, Gabriella; Cargnin-Ferreira, Eduardo
http://dx.doi.org/10.4322/rbeb.2012.079
Rev. Bras. Eng. Bioméd., vol.26, n1, p.33-47, 2010
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Resumo
Este artigo apresenta uma abordagem de segmentação
para o reconhecimento e quantificação de expressão de
imunoistoquÃmica (IHC) através do aprendizado de uma
métrica de distância. Este método é baseado em duas
etapas: treinamento e segmentação. A etapa de treinamento
é realizada pela seleção supervisionada de algumas áreas
tÃpicas de expressão de IHC na imagem. Nesta etapa o padrão
esperado de IHC é estatisticamente caracterizado, onde
ocorre o aprendizado da métrica de distância e um espaço
caracterÃstico é modelado. Através desse espaço são obtidos
os mapas de similaridade para cada imagem de IHC, com os
nÃveis de intensidade correspondendo ao grau da reação do
biomarcador sobre o tecido. A etapa de segmentação é guiada
por um parâmetro de escala que controla a quantidade de
áreas marcadas com base nos valores de intensidade dos
mapas de similaridade. O método é baseado no aprendizado
da distância de Mahalanobis para produzir um espaço
caracterÃstico, para posteriormente ser utilizado na distinção
entre marcações positivas de expressão de IHC e tecidos
normais, bem como quantificar o grau de intensidade
da reação. Os resultados obtidos pelo método proposto
foram comparados com a classificação linear no espaço de
cores HSV (Hue, Saturation and Value) utilizando diferentes
categorias de biomarcadores. Os resultados mostram que
os limites da fronteira da distribuição dos padrões são mais
bem definidos no método proposto, permitindo assim uma
melhor discriminação entre tecidos normais e expressão de
IHC.
Palavras-chave
Segmentação colorida de imunoistoquÃmica
(IHC), Aprendizado de métricas de distância, Espaços de
cores adaptativos, Distância de Mahalanobis.
Abstract
This paper presents a segmentation approach to the recognition
and quantification of immunohistochemistry (IHC) expression
employing a distance metric learning method. This method is based
in a two-step procedure, training and segmentation. The training
step is performed by the supervised selection of a few IHC typical
stained areas on image. In that step the desired IHC pattern is
statistically characterized, where a distance metric is learned and
a featured space is created. With this space, similarity maps are
obtained by each IHC image with its intensity levels corresponding
to degrees of reaction provided by the biomarker over the tissue.
The segmentation step is guided by a scale-space parameter that
controls the amount of labeled areas based on intensity values of
the similarity maps. This method learns a Mahalanobis distance
metric to produce a featured space used to distinguish between IHC
positive staining and normal tissues, as well as quantifying the
reaction intensity degrees. The results obtained by the proposed
method were compared to the linear classification on HSV (Hue,
Saturation and Value) color space using different biomarkers
categories. The comparison results show that the boundary limits
of the pattern distributions are better defined in the proposed
method, allowing better discrimination between normal tissues
and IHC expression.
Keywords
Immunohistochemistry color image segmentation,
Distance metric learning, Adaptive color spaces, Mahalanobis
dÂstance.